Sommaire annuel des données de surveillance en laboratoire pour les entéropathies au Canada 2009

Comprend des tableaux sur le sérotype et le lysotype,
2007-2009, PNSME et LNM

Laboratoire national de microbiologie (LNM) et
Centre des maladies infectieuses d'origine alimentaire, environnementale et zoonotique (CMIOAEZ), Agence de la santé publique du Canada

et

Les laboratoires de microbiologie provinciaux

Table des matières

• Introduction
• Isolats signalés par principaux groupes de micro-organismes
  
• Les dix principaux sérovars de Salmonella
  
• Isolats provenant de sites d'isolement extra-intestinaux
  
• Infections contractées en voyage (tableaux 7 et 8)

• Tableau 1. Nombre de cas par principaux groupes de micro-organismes dans chaque province/territoire.
• Tableau 2. Taux (pour 100 000 personnes) par principaux groupes de micro-organismes – PNSME 2009*
• Tableau 3. Fréquence et taux nationaux annuels (pour 100 000 personnes) des principaux groupes de micro-organismes, d'après les données transmises au PNSME de 2004 à 2009.
• Tableau 4. Les dix principaux sérovars de Salmonella signalés en 2009 (nombre total d’isolats de Salmonella = 6 084).
• Tableau 5. Nombre total de cas au Canada (rang global) d’infection par les dix principaux sérovars de Salmonella signalés au PNSME entre 2004 et 2009 (d’autres sérovars ont été ajoutés pour tenir compte des données historiques sur les sérovars qui ne faisaient pas partie des dix principaux sérovars en 2009)
• Tableau 6. Nombre total d'isolats provenant de sites d'isolement extra-intestinaux, d'après les données transmises au PNSME en 2009.
• Tableau 7. Nombre d’infections par région/pays d’origine.
• Tableau 8. Infections contractées en voyage signalées au PNSME en 2009.
• Figure 1. Taux annuels relatifs de cas confirmés en laboratoire d’infection à Salmonella, à Shigella et à E. coli vérotoxinogène (VTEC)(comparativement à la période de référence de 1998 à 2000) – PNSME.
  
• Figure 2. Cas d’infection à S. Enteritidis signalés au PNSME en 2009 par rapport à la moyenne mobile/médiane sur 5 ans

• Annexe 1. Données sur le sérotype communiquées au PNSME en 2009
• Annexe 2. Lysotypes des isolats signalés en 2009, LNM
• Annexe 3. Données sur le sérotype communiquées au PNSME en 2008
• Annexe 4. Lysotypes des isolats signalés en 2008, LNM
• Annexe 5. Données sur le sérotype communiquées au PNSME en 2007
• Annexe 6. Lysotypes des isolats signalés en 2007, LNM

Remerciements

Équipe de coordination du PNSME

Matthew Gilmour, chef, Section des maladies entériques, LNM

Lori Lozinski, agente de soutien, Section des maladies entériques, LNM

Frank Pollari, directeur, Division de la surveillance des maladies entériques et des études de population, CMIOAEZ

Andrea Nesbitt, épidémiologiste, Division de la surveillance des maladies entériques et des études de population, CMIOAEZ

Regan Murray, épidémiologiste, Division de la surveillance des maladies entériques et des études de population, CMIOAEZ

Données du LNM

Helen Tabor, responsable, Unité de l’identification et du sérotypage

Rafiq Ahmed, responsable, Unité du lysotypage

Kristine Tabing, Identification et sérotypage

Miles Majcher, Identification et sérotypage

Laboratoires de microbiologie partenaires dans les provinces et les territoires

Laboratoire de microbiologie et laboratoire de référence de BC Centre for Disease Control

Laboratoire provincial de microbiologie de l’Alberta

Laboratoire de lutte contre les maladies de la Saskatchewan

Laboratoire provincial de microbiologie Cadham, Winnipeg (Manitoba)

Laboratoires de santé publique de l’Agence ontarienne de protection et de promotion de la santé (AOPPS)

Institut national de santé publique du Québec (INSPQ)

Laboratoires de santé publique du Nouveau- Brunswick

Laboratoires de santé publique de la Nouvelle-Écosse

Laboratoires de santé publique de l'Île-du-Prince-Édouard.

Laboratoire de santé publique de Terre-Neuve

Partenaires provinciaux et territoriaux en épidémiologie

British Columbia Centre for Disease Control

Alberta Ministry of Health and Wellness

Saskatchewan Ministry of Health

Santé Manitoba

Ministère de la Santé et des soins de longue durée de l’Ontario

Ministère la Santé et des Services sociaux du Québec

Ministère de la Santé du Nouveau Brunswick

Nova Scotia Health Promotion and Protection

Prince Edward Island Department if Health and Wellness

Newfoundland Department of Health and Community Services

Nunavut Health and Social Services

Northwest Territories Department Health and Social Services

Yukon Health and Social Services

Résumé

Le Programme national de surveillance des maladies entériques (PNSME) est un programme canadien conçu pour fournir des analyses et des rapports hebdomadaires sur les cas de maladie entérique confirmée en laboratoire par isolement, y compris les maladies attribuables à des bactéries, des virus ou des parasites pathogènes. Le présent document dresse un résumé des données acheminées par les laboratoires de microbiologie provinciaux et territoriaux au PNSME en 2009. Par ailleurs, on peut consulter les données provinciales sur le sérotype et le lysotype des années 2007 et 2008 dans les annexes.

Salmonella était l’agent pathogène bactérien le plus fréquemment signalé au PNSME en 2009, S. Enteritidis étant le plus fréquent sérovar. L’incidence du sérovar S. Heidelberg demeure élevée; en effet, le nombre enregistré en 2009 dépasse celui recensé en 2008 et en 2007. Aucune éclosion particulière ne peut expliquer à elle seule cette hausse. Le nombre de cas d'infection à E. coli vérotoxinogène déclarés en 2009 a été le plus faible jamais enregistré par le PNSME. Le nombre de cas d’infection à Shigella flexneri a augmenté au cours des dernières années. En 2009, le nombre de cas d’infection à Shigella flexneri a dépassé le nombre de cas d’infection à Shigella sonnei pour la première fois depuis le début du PNSME.

Dans ce rapport, on a recensé les sites d’isolement extra-intestinaux et les infections contractées en voyage signalés au PNSME. Outre la hausse continue de la prévalence d’infections à S. Enteritidis, le PNSME a décelé une augmentation supérieure au nombre prévu d’infections à S. Carrau et à S. Cubana, lesquelles se sont soldé par des enquêtes multi-provinciales sur les éclosions en partenariat avec PulseNet Canada. Pour ce qui est du site d’isolement, les isolats fécaux étaient les plus nombreux, comme il était escompté; toutefois, les isolats sanguins et urinaires ont représenté une proportion importante dans le cas de certaines espèces ou sérotypes de Salmonella, de Campylobacter , d’ E. coli et de Shigella . Bien que les antécédents de voyage soient dans une large mesure sous déclarés, on a recensé 38 pays différents à l’origine de cas d’infection entérique acquise à l’extérieur du Canada en 2009. L’Asie s’est révélée être la région la plus souvent déclarée à l’origine des infections décelées chez les personnes ayant récemment immigré ou voyagé. La plus grande proportion de maladies contractées en voyage était les infections à Salmonella, S. Enteritidis étant responsable du tiers de ces cas.

Introduction

Le Programme national de surveillance des maladies entériques (PNSME) est un programme conçu pour fournir, en temps opportun, des analyses et des rapports sur les cas de maladie entérique confirmée en laboratoire par isolement au Canada, y compris celles attribuables à des bactéries, des virus ou des parasites pathogènes. En collaboration avec des programmes connexes de PulseNet Canada, le PNSME permet de déceler en temps réel les maladies émergentes ou prioritaires et de mettre en œuvre des mesures. Il participe aux efforts internationaux déployés en vue de surveiller et de limiter la propagation de micro organismes pathogènes.

Le PNSME repose sur la cueillette de données de laboratoire hebdomadaires regroupées, partout au Canada. Ces données ont été transmises par les laboratoires de microbiologie provinciaux à l’Agence de santé publique du Canada (ASPC). Les données sont acheminées au Laboratoire national de microbiologie (LNM) directement ou par Internet au moyen du Réseau canadien de renseignements sur la santé publique (RCISP). Les données de caractérisation portent généralement sur le genre, l’espèce et le sérotype. Par la suite, le LNM et le Centre des maladies infectieuses d’origine alimentaire, environnementale et zoonotique (CMIOAEZ) compilent et analysent conjointement ces données hebdomadaires. Ces rapports hebdomadaires permettent à l'Agence de la santé publique du Canada (ASPC) et aux partenaires provinciaux et territoriaux du PNSME de détecter les premiers signes de l’émergence d’une maladie d'origine alimentaire grave. PulseNet Canada se sert alors de ces données et de l’analyse des empreintes génétiques pour déceler les éclosions le plus précocement possible. Le réseau permet le partage des données et constitue un moyen de communication entre tous les laboratoires de microbiologie provinciaux, l’Agence canadienne d’inspection des aliments, Santé Canada et l’ASPC. Plus particulièrement, ces deux réseaux de surveillance en laboratoire, qui sont complémentaires, permettent le partage de données et l’évaluation des données de laboratoire de manière coordonnée pendant les enquêtes épidémiologiques multigouvernementales, comme il est prescrit dans le Protocole canadien d’intervention lors de toxi-infection d’origine alimentaire (PRIOTIOA) . Également élaborée dans le but de favoriser la communication des résultats de la surveillance en laboratoire, l’application en ligne PNSME du RCISP permet aux partenaires d’analyser en temps réel les données, d’évaluer les tendances et d’afficher leurs résultats.

Le présent rapport annuel est un résumé des données hebdomadaires provenant des laboratoires de microbiologie provinciaux uniquement. Il a été rédigé dans le but de mettre en évidence les tendances à long terme de l’incidence des infections entériques au Canada. Il ne représente donc qu'un sous-ensemble d'isolements réalisés en laboratoire dans chaque province et ne reflète pas nécessairement l'incidence de la maladie à l'échelle provinciale ou nationale. Toutefois, pour chaque groupe de maladies, les données peuvent indiquer des changements dans les tendances en matière de déclaration de cas liés à des événements. Le Système canadien de surveillance des maladies à déclaration obligatoire (SSMDO) reçoit les données déclarées de manière obligatoire par les services de santé locaux. Ces données sont acheminées aux autorités sanitaires provinciales ou territoriales et sont recueillies par la Division sur la surveillance et l’évaluation des risques du Centre de lutte contre les maladies transmissibles et les infections de l’ASPC. Il se peut que ces données soient plus fiables pour ce qui est du nombre total de maladies. Ces systèmes de surveillance, qui sont complémentaires, fournissent des résultats de laboratoire et des résultats sur l’épidémiologie. Toutefois, il peut exister des divergences entre ces deux types de résultats.

Cette année, le rapport comprend des annexes de données sur le sérotype et le lysotype couvrant les années 2007 à 2009 pour tenir compte de celles qui n’ont pas été publiées depuis 2006. Les données des annexes représentent celles qui ont été transmises au PNSME et les données provenant du LNM. Les données fournies par le LNM proviennent principalement des autorités sanitaires provinciales et des laboratoires de référence, de même que de travaux menés au LNM. Les laboratoires locaux et régionaux expédient certains isolats d’entéropathogènes aux laboratoires provinciaux à des fins de confirmation et d’identification, et certains isolats obtenus par les laboratoires provinciaux sont envoyés au LNM à des fins de confirmation et de caractérisation plus approfondie de la souche.

Collecte et analyse des données

Les laboratoires de santé publique provinciaux reçoivent les isolats (ou les échantillons) et les formulaires de soumission. Le personnel de chaque laboratoire provincial réalise les analyses pertinentes permettant de confirmer l’identité ou le sous type de l’agent. Un sommaire des résultats hebdomadaires est consigné dans un rapport du PNSME. Le rapport hebdomadaire destiné au PNSME couvre la période du dimanche au samedi et repose sur la date à laquelle l’analyse de laboratoire a été réalisée. Toutes les données acheminées au PNSME ont été regroupées et sont anonymes. Les partenaires du PNSME tentent de n’inclure que le nombre d’isolats prélevés des nouveaux cas décelés au laboratoire dans la semaine ou les mises à jour des chiffres précédemment transmis. Dans la mesure du possible, le laboratoire provincial recherche les échantillons multiples, les échantillons répétés ou les échantillons bénéficiant d’un suivi provenant d’une même personne et considère comme un seul cas tous les isolats identiques provenant d’un même patient recueillis sur une période de trois mois. Une fois rempli, le rapport destiné au PNSME est télécopié ou envoyé par courriel au LNM le plus rapidement possible et au plus tard, le deuxième jour suivant un weekend ou un jour férié. La seule exception à cette règle concerne les isolats qui doivent être envoyés à un autre laboratoire, qui terminera l’identification. Dans ce genre de situation, l’isolat est consigné en fonction du niveau de typage ou d’identification atteint (p. ex. Salmonella sp.) et de la semaine au cours de laquelle il a été soumis. La donnée du PNSME est alors mise à jour lorsque le laboratoire de référence achemine les dernières données sur l’identification (p. ex. le rapport de la semaine 35 indique qu’un Salmonella sp. signalé à la semaine 33 a été confirmé comme étant S. Anatum). Cette mise à jour figure sur le prochain rapport hebdomadaire destiné au PNSME.

En ce qui a trait à l’analyse des données, le PNSME dispose d’un algorithme pour déterminer si le dénombrement des cas est considérablement « plus élevé que prévu » par rapport à une moyenne mobile sur 5 ans. Une régression de Poisson et la valeur prédictive ont été utilisées pour calculer la signification statistique.

Un bulletin du PNSME est envoyé à tous les laboratoires provinciaux, à au moins un épidémiologiste de la province ou à un médecin-conseil en santé publique de chaque province et à plusieurs intervenants du gouvernement fédéral. Les rapports peuvent être consultés par d’autres professionnels de la santé publique de la province ou d’autres organisations, mais ne sont pas destinés à une diffusion publique. Il n’est pas nécessaire que les professionnels de la santé publique interviennent à la suite des événements ou des hausses statistiques indiquées dans les rapports.

Limites

Il convient de noter que les données comportent des limites qui leur sont inhérentes. Les laboratoires locaux et régionaux ne transmettent pas nécessairement tous les échantillons/isolats aux laboratoires de santé publique provinciaux. Par conséquent, les rapports provinciaux et les données du PNSME pourraient fort bien sous-représenter l'incidence réelle des maladies au Canada. Par exemple, les isolats de Campylobacter ne sont pas systématiquement acheminés au laboratoire provincial ou au laboratoire de référence central pour subir des analyses plus approfondies que la caractérisation du genre ou de l’espèce. Ils sont donc considérablement sous représentés dans le PNSME. Toutefois, le nombre d’isolats de Salmonella et d’ E. coli O157 enregistrés par le PNSME représente davantage l’incidence réelle de la maladie au Canada, puisque le nombre de cas déclarés au Système de surveillance des maladies à déclaration obligatoire (SSMDO) et le nombre d’isolats déclarés au PNSME concordent. Tous les laboratoires ne transmettent pas systématiquement ou régulièrement les données relatives aux sites d’isolement extra intestinaux, aux voyages à l’étranger ainsi qu’aux éclosions et aux grappes de cas au PNSME. Par conséquent, la prudence est de mise dans l’interprétation des résultats. Toutes les éclosions et toutes les grappes signalées au PNSME ne représentent pas toutes les éclosions de maladies entériques diagnostiquées à l’échelle nationale. Il ne s'agit pas non plus d'un calcul représentatif du nombre réel, définitif, de cas pouvant avoir été associés aux éclosions et aux grappes déclarées au PNSME. Par conséquent, les détails concernant les éclosions et les grappes de cas ne figurent pas dans le présent rapport. Ces détails sont consignés avec plus d’exactitude dans le système PulseNet Canada.

Isolats signalés par principaux groupes de micro-organismes

En 2009, le Programme national de surveillance des maladies entériques (PNSME) est arrivé au terme de sa douzième année complète de collecte de données. En tout, 14 262 cas d'infection entérique ont été enregistrés. Les tableaux 1 et 2 présentent le nombre de cas signalés au PNSME en 2009 ainsi que le taux pour 100 000 personnes relativement à chacun des principaux groupes de micro-organismes. Les taux d'incidence relatifs de Salmonella, d' E. coli et de Shigella depuis 2001 sont comparés aux années de référence (1998 à 2000) dans la figure 1.

Salmonella était l’organisme le plus fréquemment signalé au PNSME, 6 084 isolats ayant été déclarés en 2009 (42,7 %). Enteritidis, le sérovar de Salmonella, est toujours associé au nombre total le plus élevé d’isolats de Salmonella au Canada, et S. Typhimurium, le plus faible jamais enregistré au PNSME (tableaux 3 et 4). S. Heidelberg était le sérovar ayant subi la plus grande augmentation en 2009 (tableau 5). Le nombre de cas signalés d'infection à E. coli vérotoxinogène a diminué à 606 (1,82 pour 100,000 personnes) en 2009, le plus faible jamais enregistré par le PNSME. Les infections à Shigella dans leur ensemble ont diminué en 2009, mais le nombre d'isolats identifiés comme Shigella flexneri a augmenté, dépassant le nombre d'infections à Shigella sonnei pour la première fois depuis la mise sur pied du PNSME (294 vs 281). Bien que Campylobacter soit l’entéropathogène le plus souvent signalé au Canada, les isolats de cet organisme ne sont systématiquement pas acheminés aux laboratoires provinciaux ou aux laboratoires de référence centraux, de sorte qu’ils sont grandement sous-représentés dans le PNSME. Par rapport au PNSME, les données du programme national de surveillance des maladies à déclaration obligatoire sont plus exactes en ce qui concerne cet agent pathogène au Canada.

Les cas d'infection parasitaire et d'infection virale ne sont pas systématiquement déclarés aux laboratoires provinciaux et aux laboratoires de référence centraux; ils sont également considérablement sous-représentés dans le PNSME. Un moins grand nombre de parasites ont été signalés au PNSME cette année par rapport à 2008. On a identifié environ 100 isolats de Cryptosporidium de moins que l’an dernier (159 en 2009 contre 270 en 2008). Le nombre observé d'infections à norovirus est resté semblable par rapport à 2008. Les éclosions de norovirus étaient responsables de plus de 90 % de toutes les éclosions et grappes d'infections signalées au PNSME en 2009 (tableau 6).

La liste complète du nombre d’isolats acheminés au LNM classés par genre, espèce et sérotype et signalés au PNSME en 2009 ainsi que les données sur le lysotype sont présentées à l’annexe 1 et 2. Les données correspondantes aux années 2008 et 2007 figurent aux annexes 3 à 6.

Tableau 1. Nombre de cas par principaux groupes de micro-organismes dans chaque province/territoire.

Organisme	CB	AB	SK	MB	ON	QC	NB	NÉ	ÎPÉ	TL	NTO	NU	YK	Total	%
Salmonella	1015	756	204	276	2464	1096	110	101	16	31	7	7	1	6084	42.7
Campylobacter*	499	321	151	144	244	95	175	55	33	33	-	-	1	1751	12.3
Shigella	175	76	7	26	248	76	9	12	-	2	-	-	-	631	4.4
E. coli †	165	99	16	45	154	107	13	3	9	-	1	-	1	613	4.3
Vibrio	22	7	0	1	6	1	8	1	1	-	-	-	-	47	0.3
Yersinia	36	55	20	6	241	17	4	2	-	-	-	1	-	382	2.7
Parasites	224	52	143	131	447	332	112	73	23	30	-	1	3	1570	11.0
Virus‡	579	327	808	199	-	472	237	358	66	135	-	-	3	3184	22.3
Total	2715	1693	1349	828	3804	2196	668	605	148	231	8	8	9	14262

* Bien que Campylobacter soit l’entéropathogène le plus souvent signalé au Canada, les isolats de cet organisme ne sont systématiquement pas acheminés aux laboratoires provinciaux ou aux laboratoires de référence centraux, de sorte qu’ils sont grandement sous-représentés dans le PNSME.

†Les infections à E. coli englobent les cas d’infection à E. coli vérotoxinogène (606 cas) et à E. coli non vérotoxinogène (7 cas, tous au Manitoba).

‡ Les cas d'infection parasitaire (Giardia, Cryptospordium, Entamoeba Histolytica/Dispar et Cyclospora) et d'infection virale (Norovirus, Rotavirus et Adénovirus) ne sont pas systématiquement déclarés aux laboratoires provinciaux et aux laboratoires de référence centraux; ils sont donc considérablement sous-représentés dans le PNSME.

Tableau 2. Taux (pour 100 000 personnes) par principaux groupes de micro-organismes – PNSME 2009*

Organisme	CB	AB	SK	MB	ON	QC	NB	NÉ	ÎPÉ	TL	NTO	NU	YK	National
Salmonella	22.78	20.34	19.80	22.59	18.85	14.00	14.68	10.77	11.35	6.09	16.11	21.75	2.97	18.03
Campylobacter†	11.20	8.70	14.66	11.78	1.87	1.21	23.35	5.86	23.41	6.48	-	-	2.97	5.19
Shigella	3.93	2.68	0.68	2.13	1.90	0.97	1.20	1.28	-	0.39	-	-	-	1.87
E. coli‡	3.70	4.47	1.55	3.68	1.18	1.37	1.73	0.32	6.38	0.00	-	-	2.97	1.82
Vibrio	0.49	0.16	0.00	0.08	0.05	0.01	1.07	0.11	0.71	-	-	-	-	0.14
Yersinia	0.81	1.46	1.94	0.49	1.84	0.22	0.53	0.21	-	-	2.30	-	-	1.13
Parasites	5.03	1.41	13.88	10.47	4.87	4.24	14.94	7.78	16.31	5.89	-	3.11	8.91	4.65
Viruses	13.00	8.87	78.44	16.29	-	6.03	31.62	38.16	46.81	26.53	-	-	8.91	9.44

* Les taux ont été calculés à partir d’estimations postcensitaires à jour de la population du Canada, des provinces et des territoires en date du 1er juillet 2009 (source : Statistique Canada).

† Bien que Campylobacter soit l’entéropathogène le plus souvent signalé au Canada, les isolats de cet organisme ne sont pas systématiquement acheminés aux laboratoires provinciaux ou aux laboratoires de référence centraux, de sorte qu’ils sont grandement sous-représentés dans le PNSME.  

‡ Seuls les cas d’infection à E. coli vérotoxinogène (n = 606) ont été pris en compte dans ce tableau.

Tableau 3. Fréquence et taux nationaux annuels (pour 100 000 personnes) des principaux groupes de micro-organismes, d'après les données transmises au PNSME de 2004 à 2009.*

	2004		2005		2006		2007		2008		2009
Organisme	Nbre	Taux	Nbre	Taux	Nbre	Taux	Nbre	Taux	Nbre	Taux	Nbre	Taux
Salmonella	5378	16.83	6096	18.89	5724	17.54	6419	19.47	6351	19.07	6084	18.03
Campylobacter†	1306	4.09	1411	4.37	1958	6.00	1959	5.94	1614	4.85	1751	5.19
Shigella	649	2.03	837	2.59	526	1.64	636	1.93	680	2.04	631	1.87
E. coli ‡	1130	3.54	796	2.47	1086	3.41	1006	3.05	695	2.09	606	1.80
Vibrio	27	0.08	30	0.09	43	0.13	37	0.11	39	0.12	47	0.14
Yersinia	495	1.55	553	1.71	578	1.77	488	1.48	414	1.24	382	1.13
Parasites§	1787	5.59	1743	5.40	1705	5.23	1678	5.09	1783	5.35	1570	4.65
Virus	2622	8.21	2277	7.06	4057	12.43	4657	14.12	3248	9.75	3184	9.44
Totaux	13394		13743		15677		16880		14824		14255

*Les taux ont été calculés à partir des données estimatives de Statistique Canada sur la population du Canada en date du 1er juillet pour les années 2004 à 2009.

†Bien que Campylobacter soit l’entéropathogène le plus souvent signalé au Canada, les isolats de cet organisme ne sont pas systématiquement acheminés aux laboratoires provinciaux ou aux laboratoires de référence centraux, de sorte qu’ils sont grandement sous-représentés dans le PNSME. **Seuls les cas d’infection à E. coli vérotoxinogène ont été pris en compte dans ce tableau.

§ Les cas d'infection parasitaire (Giardia, Cryptospordium, Entamoeba Histolytica/Dispar et Cyclospora) et d'infection virale (Norovirus, Rotavirus et Adénovirus) ne sont pas systématiquement déclarés aux laboratoires provinciaux et aux laboratoires de référence centraux; ils sont donc considérablement sous-représentés dans le PNSME.

Figure 1. Taux annuels relatifs de cas confirmés en laboratoire d’infection à Salmonella, à Shigella et à E. coli vérotoxinogène (VTEC)(comparativement à la période de référence de 1998 à 2000) – PNSME.

Les dix principaux sérovars de Salmonella

Les dix principaux sérovars de Salmonella ont représenté 72,4 % des 6,084 infections à Salmonella signalées au PNSME en 2009. Le nombre de cas d’infection par les dix principaux sérovars de Salmonella décelés dans chaque province est présenté au tableau 3, et une liste complète des sérotypes de Salmonella signalés au PNSME en 2009 figure à l’annexe 1. Les sérovars se classant aux trois premiers rangs sont demeurés les mêmes au cours des quatre années précédentes, S. Enteritidis étant le sérovar le plus souvent signalé, suivi de S. Typhimurium, puis de S. Heidelberg (tableau 4 et annexe 5). On compte 1 955 isolats de S. Enteritidis déclarés en 2009, une baisse par rapport au nombre record de 2 239 cas d’infection signalés en 2008. Les infections à Typhimurium ont diminué en 2009, les 777 isolats identifiés étant le plus faible nombre jamais enregistré par le PNSME. Il y a eu 665 cas d’infection à S. Heidelberg enregistrés en 2009, une hausse par rapport à son nombre le plus faible jamais enregistré de 456 cas en 2008 (tableau 5).  

Tableau 4. Les dix principaux sérovars de Salmonella signalés en 2009 (nombre total d’isolats de Salmonella = 6 084).

Sérovar	CB	AB	SK	MB	ON	QC	NB	NÉ	ÎPÉ	TL	NTO	NU	YK	Total	% de tous les cas de Salmonella
Enteritidis	456	209	71	90	707	329	39	36	5	10	-	2	1	1955	32.1
Typhimurium	96	86	26	23	373	134	10	13	5	6	3	2	-	777	12.8
Heidelberg	39	85	15	45	223	206	25	17	3	7	-	-	-	665	10.9
ssp I 4,[5],12:i:-	41	62	29	28	72	33	4	-	-	-	1	1	-	271	4.5
Typhi	41	13	1	6	88	14	-	-	-	-	-	-	-	164	2.7
Newport	17	10	6	11	61	22	2	2	-	1	1	-	-	133	2.2
Saintpaul	20	23	-	3	60	19	1	2	-			2	-	130	2.1
Infantis	9	19	8	2	53	18	-	1	-	-	-	-	-	110	1.8
Javiana														103	1.7
Hadar	12	7	3	1	64	8	2	3	-	-	-	-	-	100	1.6
Top Ten Total	739	525	159	211	1729	833	86	75	13	24	5	7	1	4407	72.4*

* On a décelé 201 autres sérovars, pour un total de 1 615 (26,6 %); Nombre de cas de Salmonella non caractérisés = 62 (1,0 %)

On a observé trois changements notables parmi les dix principaux sérovars de Salmonella (tableau 5). L'incidence d’infection à S. ssp I 4, [5],12, i:- s’est élevé à 271 cas, ce sérovar passant de la 6e en 2008 à la 4e position en 2009. Les cas d'infection à S. Saintpaul (130) et à S. Javiana (102) ont aussi augmenté en 2009; ces sérovars se sont classés au 7e et au 9e rang, respectivement, alors qu'ils ne figuraient pas parmi les dix principaux sérovars de Salmonella en 2008. En majeure partie, cette augmentation de nombre de cas enregistrés d’infection à S. Javiana était causée par une éclosion dans une collectivité de la province de Québec en juin. Cette année, on a relevé le moins grand nombre de cas d'infection à S. Thompson (99 cas); pour la première fois, S. Thompson n'était pas l'un des dix principaux sérovars de Salmonella signalés au PNSME.

S. Carrau et S. Cubana ne figuraient pas parmi les dix principaux sérovars; toutefois, des éclosions ayant eu lieu dans plusieurs provinces ont été détectées dans le cadre du PNSME (annexe 1). S. Carrau (35 cas) a frappé des collectivités en février et en mars; les cas étaient répartis dans huit provinces et plusieurs États américains. Des melons sont la source présumée de ces infections. Une éclosion de S. Cubana en juillet a entraîné 20 cas dans quatre provinces (Alberta, Colombie-Britannique, Ontario et Nouvelle-Écosse); des germes de soja sont la source présumée de l'infection.

Tableau 5. Nombre total de cas au Canada (rang global) d’infection par les dix principaux sérovars de Salmonella signalés au PNSME entre 2004 et 2009 (d’autres sérovars ont été ajoutés pour tenir compte des données historiques sur les sérovars qui ne faisaient pas partie des dix principaux sérovars en 2009)

Sérovar	2004	2005	2006	2007	2008	2009
Enteritidis	991 (2)	1750 (1)	1338 (1)	1661 (1)	2239 (1)	1955 (1)
Typhimurium	1107 (1)	1058 (2)	998 (2)	1341 (2)	914 (2)	777 (2)
Heidelberg	942 (3)	714 (3)	696 (3)	560 (3)	456 (3)	665 (3)
ssp I  4,[5],12:i:-	92 (10)	103	109 (9)	184 (4)	180 (6)	271 (4)
Typhi	129 (7)	123 (8)	177 (4)	158 (6)	192 (4)	164 (5)
Newport	149 (5)	145 (6)	145 (7)	142 (9)	185 (5)	133 (6)
Saintpaul	91	115 (9)	166 (6)	123	92	130 (7)
Infantis	102 (9)	131 (7)	81	131 (10)	119 (8)	110 (8)
Javiana	70	47	49	49	66	102 (9)
Hadar	149 (5)	168 (5)	107 (10)	144 (8)	113 (9)	100 (10)
Thompson	153 (4)	235 (4)	171 (5)	173 (5)	130 (7)	99
Paratyphi A	84	108 (10)	132 (8)	94	109 (10)	92
Agona	11  (8)	85	87	109	107	70
Oranienburg	55	47	67	145 (7)	45	53

Hausse continue de la prévalence de S. Enteritidis

On a signalé moins d’isolats de S. Enteritidis en 2009, mais cet agent demeure la cause la plus fréquente de salmonellose chez l’humain au Canada, soit environ 33 % de tous les isolats de Salmonella chez l’humain enregistrés en 2009. Au pays, on a relevé un plus grand nombre de cas que prévu dans la plupart des semaines, tout au long de l’année (figure 2). En raison d’une importante hausse du taux d’infection par S. Enteritidis apparue dans plusieurs provinces en 2009, on a réalisé des enquêtes en continu, mais il était difficile d’établir un lien épidémiologique entre la source contaminée et la maladie chez l’humain.

Figure 2. Cas d’infection à S. Enteritidis signalés au PNSME en 2009 par rapport à la moyenne mobile/médiane sur 5 ans

*Une éclosion importante de S. Enteritidis a eu lieu au cours des semaines 45 à 50 en 2005, ce qui a des répercussions sur la moyenne mobile sur 5 ans.

Isolats provenant de sites d'isolement extra-intestinaux

Le nombre d'isolats recueillis dans des sites extra-intestinaux (c.-à-d. échantillons non fécaux) pour lesquels des données ont été communiquées au PNSME en 2009 est indiqué au tableau 6. Bien que les données concernant les sites d'isolement extra-intestinaux soient recueillies par le PNSME, elles ne sont pas toujours transmises aux laboratoires provinciaux ou de référence centraux. Un micro-organisme isolé d’un site stérile peut impliquer la présence d’une maladie plus grave ayant incité le sujet à consulter un médecin et à se soumettre à des tests. La majeure partie des isolats provenant de sources non fécales étaient des isolats de Salmonella. S. Typhi, S. Paratyphi A, S. Cubana et C. fetus ssp. fetus étaient les souches constituant la plus grande proportion des isolats prélevés de sites extra-intestinaux.

Tableau 6. Nombre total d'isolats provenant de sites d'isolement extra-intestinaux, d'après les données transmises au PNSME en 2009.

Organisme	Sang	Urine	Autre *	Total/ global	Pourcentage (%)
Salmonella	262	119	29	410/6084	6.7
Enteritidis	53	25	6	84/1955	4.2
Heidelberg	54	16	9	79/665	11.9
Typhi	49	2	0	51/164	31.3
Paratyphi A	26	0	0	26/92	28.3
Typhimurium	8	5	5	18/777	2.3
Newport	2	8	0	10/133	7.5
Saintpaul	5	4	0	9/130	6.9
Cubana	1	5	1	7/23	30.4
ssp. I 4,[5],12:i:-	4	2	1	7/271	2.6
Poona	4	2	0	6/46	13.0
Oranienburg	2	4	0	6/53	11.3
Agona	1	3	1	5/70	7.1
Paratyphi B var. Java	3	2	0	5/63	7.9
Thompson	1	3	0	4/99	4.0
Brandenburg	3	1	0	4/16	25.0
Javiana	2	2	0	4/102	4.0
ssp. I 4,[5],12:b:-	4	0	0	4/75	5.3
Infantis	1	2	0	3/110	2.7
Derby	0	3	0	3/30	10.0
Carrau	2	1	0	3/41	7.3
Kiambu	1	2	0	3/12	25.0
Montevideo	1	2	0	3/51	5.9
Virchow	3	0	0	3/29	10.3
Other (51 sérovars)	26	21	6	63/1046	5.1
Campylobacter	9	0	1	10/1751	0.6
C. fetus ssp. fetus	6	0	1	7/24	29.2
C. jejuni	2	0	0	2/1346	0.1
C. upsaliensis	1	0	0	1/44	2.3
Vibrio sp.	0	0	1	1/47	2.1
Shigella sp.	5	2	0	7/631	1.1
E. coli O157 VTEC	0	0	1	1/606	0.2
Yersinia enterocolitica	2	0	2	4/326	1.2
Norovirus	1	0	0	1/2311	0.0
Total	279	121	34	434/14262	3.0

*Abcès / lésion / pus : 1. C. fetus ssp. fetus , 3 S. Heidelberg, 1 S. Enteritidis, 1 S. Pomona, 1 S. Gaminara, 1 S. Typhimurium, 1 S. ssp IIIb 61:k 1, 5, 7, 1 Vibrio alginolyticus, 1 Y. enterocolitica. Liquide abdominal : 1 S. Typhimurium, 1 S. Enteritidis. Bile : S. Uganda, 1 Fesse : 1 S. Agona. Tissu de la poitrine : 2 S. Enteritidis. Sécrétions de l’endotrachée : 1 S. Heidelberg. Vessie biliaire : 1 S. Typhimurium. Aine : 1 Y. enterocolitica. Membrane synoviale : 1 S. Enteritidis. Liquide de drainage du tibia : 1 S. Stanley. Foie : 1 S. Berta. Sécrétions de la trachée : 2 S. Heidelberg. Polype nasal : E.coli O157 VTEC. Écouvillonnage du cou : 1 S. Typhimurium. Liquide péritonéal : 1 S. Heidelberg. Liquide pleural : 2 S. Heidelberg. Crachat : 1 S. Typhimurium. Ulcère : S. Cubana. Sécrétions vaginales : 1 S. ssp. I 4,[5],12:i:-

Infections contractées en voyage (tableaux 7 et 8)

Bien que les voyages à l’étranger soient l’un des principaux facteurs de risque de maladie gastro-intestinale, les données à ce sujet sont rarement consignées ou communiquées; aussi ces cas sont-ils de loin sous représentés dans le PNSME.

En tout, 121 cas d’infection entérique signalés au PNSME étaient liés à des voyages à l’étranger ou à l’arrivée de nouveaux immigrants au Canada, soit 108 de moins qu’en 2008. Pour la première fois depuis 2001, l'Asie était la région géographique la plus souvent en cause (43 cas). Les infections entériques ont été plus nombreuses chez les personnes ayant émigré de cette région ou y ayant voyagé que chez les personnes ayant séjourné dans les principales destinations des Canadiens pendant les vacances d'hiver, soit le Mexique et les Caraïbes (40 cas).

Tableau 7. Nombre d’infections par région/pays d’origine.

Région géographique	Nbre de cas (%)
Asie	43 (35.5%)
Mexique	22 (18.2%)
Caraïbes	18 (14.9%)
Afrique	17 (14.0%)
Amérique du Sud	6 (5.0%)
Amérique centrale	5 (4.1%)
Autre	4 (3.3%)
Inconnu	6 (5.0%)
Total	121

Les infections à Salmonella étaient à l'origine de 38,0 % (46/121) de toutes les infections contractées en voyage, et 21 sérovars différents ont été identifiés (tableau 8).  Le sérovar le plus fréquent était S. Enteritidis (17 isolats au total), dont la majorité des isolats (11/17) étaient associés à un voyage au Mexique ou dans les Caraïbes.

Parmi les infections contractées en voyage enregistrées par le PNSME, 29,8 % (36/121) étaient dues à des parasites. Giardia a été le parasite le plus souvent détecté (19 cas), suivi d’Entamoeba (16 cas) et de Cyclospora (1 cas).  Douze des infections parasitaires concernaient des immigrants récents d'Afrique ou des personnes qui avaient séjourné récemment en Afrique, et dix autres cas étaient associés à un voyage à destination ou en provenance de l'Asie (tableau 8).

En 2009, 14 infections à Shigella ont été associées à un voyage à l’étranger. Neuf de ces personnes infectées avaient séjourné en Asie, deux, en Afrique, et les trois autres, dans des régions différentes. Treize infections à Campylobacter seraient associées à des voyages dans différentes régions du monde, le plus souvent en Asie (5 cas) et au Mexique (4 cas). Parmi les autres micro-organismes pour lesquels de l’information relative aux voyages a été fournie au PNSME, on trouve notamment six cas d’infection à Yersinia, trois cas d’infection à Vibrio sp. et trois cas d’infection à E. coli O157:H7.

Le pays associé au nombre le plus élevé d’infections acquises en voyage enregistré par le PNSME est le Mexique (22/121 – 18,2 %) (tableau 7) depuis les dix dernières années. Onze micro-organismes entériques différents auraient été contractés par des Canadiens ayant récemment séjourné au Mexique, le plus fréquent étant S. Enteritidis (6 cas), suivi de C. jejuni (4 cas).  L’Inde (8 cas), Cuba (6 cas) et la Jamaïque (5 cas) étaient les principaux autres pays où avaient voyagé récemment des personnes infectées. Les infections entériques qui auraient été acquises à l'extérieur du Canada en 2009 l'auraient été à la suite de voyages effectués dans 38 pays (tableau 8).

Tableau 8. Infections contractées en voyage signalées au PNSME en 2009.

Organisme	Nbre de cas	Pays (nbre > 1)
Salmonella	46 (38,0 %)
S. Enteritidis	17	Mexique (6), Jamaïque (3), Thaïlande (2), Belize, Cuba, Japon, Kenya, Philippines, Ouganda
S. Typhimurium	4	Belize, Liban, Mexique, Thaïlande
S. Typhi	3	Inde (3)
S. Infantis	3	Roumanie, Venezuela, République dominicaine
S. ssp 1 4,[5],12, b-	2	Thaïlande et Vietnam, Mexique
S. Javiana	2	Cuba (2)
Autre (10 sérovars)	15	Mexique (3), Cuba (2), République dominicaine (2), Chine, Costa Rica, Éthiopie, Israël, Jamaïque, Pakistan, Philippines, États-Unis
Parasites	36 (29,8 %)
Giardia	19	Myanmar (3), Bhoutan (2), Érythrée (2), Haïti (2), Mexique (2), Népal (2), China, Kenya, Pérou, Thaïlande, région inconnue (3)
Entamoeba	16	Afrique (7), Haïti, Éthiopie, Nigeria, Pérou, Thaïlande, Myanmar, région inconnue (3)
Cyclospora	1	Pérou
Shigella	14 (11,6 %)
S. boydii	3	Asie, Bangladesh, Inde
S. sonnei	7	Liban (2),Cuba, Égypte, Honduras, Mexique, Pakistan
S. flexneri	2	Éthiopie, Inde
S. dysenteriae 2	1	Bangladesh
S. dysenteriae 4	1	Inde
Campylobacter	13 (10,7 %)
C. jejuni	11	Mexique (4), Asie du Sud-Est, Chine, Colombie, Costa Rica, Inde, Indonésie, Nouvelle-Zélande
C. coli	2	Inde, République dominicaine
Yersinia enterocolitica.	6 (5 %)
Y. enterocolitica    Y. frederiksenii	4 1	Mexique (2), Australie, Arabie saoudite Turkménistan
Y. kristensenii	1	Liban
Vibrio	3 (2,5 %)
V. cholerae O1	2	Philippines, Pakistan
V. paraheamolyticus	1	Chili
E. coli O157:H7	3 (2,5 %)	Mexique (2), Jamaïque
TOTAL	121	38 pays en cause