Centre national de référence en mycobactériologie

• Recherche
• Analyse et capacités
• Services de détection et d’identification
• Services de détermination de la sensibilité aux antimicrobiens
• Services de génotypage

Gestionnaire du programme : Joyce Wolfe

Le Centre national de référence en mycobactériologie (CNRM) a pour mandat de promouvoir la recherche fondamentale et la formation dans le domaine de la mycobactériologie. Pour ce faire, on y procède à l’étude d’un genre bactérien connu sous le nom de Mycobacterium, qui comprend Mycobacterium tuberculosis, et on y fournit des services de diagnostic spécialisé, de surveillance et de consultation aux clients et aux fournisseurs de soins de santé. Ces services sont utilisés pour les enquêtes sur les maladies humaines qui touchent la population, ainsi que pour la prévention de ces maladies et la lutte contre celles‑ci.

Le CNRM dispose d’un laboratoire ultramoderne de bioconfinement de niveau 3 dans lequel est conservée la banque nationale de souches de Mycobacterium, qui renferme une vaste collection de souches cliniques et de référence du complexe M. tuberculosis et de mycobactéries non tuberculeuses. Ce laboratoire permet au programme d’offrir des services de référence aux laboratoires médicaux et à des clients d’un bout à l’autre du Canada dans le domaine des maladies mycobactériennes, et plus particulièrement de la tuberculose. De plus, le programme participe actuellement à des travaux de recherche fondamentale et appliquée concernant la détermination de la sensibilité aux antibiotiques, les cibles moléculaires associées à la résistance aux antimicrobiens, les facteurs de virulence dans la tuberculose et la caractérisation des espèces. Ces travaux favorisent la création et le maintien de diverses formes de partenariat, d’affiliation et de collaboration à l’échelle nationale et internationale. 

Le CNRM coordonne et administre un important programme national de vérification de la compétence. Ce programme a été mis en œuvre pour s’assurer de la qualité des analyses de laboratoire classiques et nouvelles effectuées par les laboratoires provinciaux canadiens, notamment l’identification à l’espèce des mycobactéries, les épreuves de sensibilité aux antimicrobiens et le génotypage moléculaire. Le CNRM agit également comme centre de référence externe pour des programmes d’États américains de vérification de la compétence. À l’heure actuelle, le système qualité du laboratoire du CNRM a été accrédité selon la norme ISO 17025, et le laboratoire planifie la deuxième phase de l’accréditation.
Par ailleurs, le CNRM exerce un leadership pour le programme national de surveillance de la tuberculose et intervient en cas d’éclosion de tuberculose en exerçant une surveillance de la résistance aux médicaments et en procédant au génotypage des souches.

Conformément à son mandat, le CNRM offre également des programmes d’enseignement poussés pour les médecins spécialistes des maladies infectieuses, les étudiants diplômés ou non et les chercheurs invités.
Le CNRM comprend cinq volets :

• Recherche

• Analyse et capacités

• Services de détection et d’identification

• Services de détermination de la sensibilité aux antimicrobiens

• Services de génotypage

Recherche

Recherche portant sur la détection et l’identification

Les activités de recherche concernent 1) la mise au point et l’amélioration des techniques moléculaires de détection et d’identification rapides des espèces du complexe Mycobacterium tuberculosis et des mycobactéries non tuberculeuses, directement à partir des échantillons cliniques à l’aide de la technique de PCR en temps réel, 2) la caractérisation et la validation des nouvelles espèces du genre Mycobacterium pertinentes sur le plan clinique et 3) la création et la mise à jour de bases de données sur les séquences, bases soumises à un contrôle de la qualité, pour l’identification rapide et exacte des isolats cliniques.

Recherche portant sur la sensibilité aux médicaments

Les projets de recherche sur la sensibilité aux médicaments qui sont menés au CNRM comportent la caractérisation et la validation des cibles moléculaires qui confèrent aux isolats de M. tuberculosis une résistance aux antibiotiques de première et de dème intentions. D’autres travaux de recherche appliquée portent sur la validation des systèmes de surveillance permanente de la sensibilité phénotypique aux antibiotiques de première et de dème intentions utilisés contre M. tuberculosis. Le CNRM participe également aux essais de nouveaux antimicrobiens conçus pour lutter contre les mycobactéries tuberculeuses ou non tuberculeuses.

Recherche sur le génotypage

Au CNRM, les activités de recherche portant sur le typage des souches comprennent la mise au point et la validation de nouvelles techniques moléculaires visant à augmenter le débit et à diminuer le délai d’exécution. Par ailleurs, on est en train de concevoir une base de données nationale accessible aux clients et aux utilisateurs du Canada afin de réunir les données de laboratoire et les données épidémiologiques et, ainsi, de mieux fournir au personnel des services de santé publique des données exactes de surveillance en temps réel. 

Recherche fondamentale

Les projets de recherche fondamentale en cours au CNRM sont les suivants :

• Technologie des puces à ADN : identification des gènes clés pour distinguer les souches qui font partie du complexe M. tuberculosis.

• Réponse des hôtes à M. tuberculosis (MTB) : mise à l’essai de stratégies de vaccination contre des maladies chroniques causées par les infections à mycobactéries et les infections parasitaires à Leishmania – projet soumis aux IRSC pour l’obtention d’une subvention de fonctionnement.

• Protéomique des souches nationales de MTB : Collaboration entre le CNRM, le Centre des sciences de la santé et l’Office régional de la santé de Winnipeg – programme intégré.

• Protéomique des souches internationales de MTB : Collaboration entre le CNRM et Rogelio Hernandez-Pando, Mexique.

• Effets sur la survie de la facilitation immunitaire hyperimmune chez des souris atteintes d’une infection mortelle à Mycobacterium tuberculosis (The effects of hyperimmune immune-enhancement on survival against lethal infection of mice with Mycobacterium tuberculosis) : Collaboration entre le CNRM et le Dr Alexei Fedórovish Licea Navarro, Laboratorio de Inmunología Molecular y Biotoxinas, Ensenada, B.C. Mexique.

Analyse et capacités

Le CNRM fournit toute une gamme de services de référence, notamment l’identification, la détermination de la sensibilité aux antibiotiques et le génotypage des espèces tuberculeuses et non tuberculeuses du genre Mycobacterium.

Le CNRM a obtenu une accréditation ISO pour les épreuves de sensibilité des isolats de M. tuberculosis aux antibiotiques de première intention. Le CNRM tente activement d’obtenir une accréditation ISO pour d’autres services de référence, dont les épreuves de sensibilité des espèces non tuberculeuses du genre Mycobacterium au moyen des panels de microtitrage Trek® ainsi que l’identification fondée sur les séquences.

Services de détection et d’identification

Le CNRM offre des services d’identification fondée sur les séquences et d’identification par PCR de microorganismes alcoolo-acido résistants tels Mycobacterium sp., de pathogènes bactériens émergents et d’agents de bioterrorisme. Le CNRM emploie diverses cibles moléculaires pour la différenciation des espèces du complexe M. tuberculosis et des espèces non tuberculeuses du genre Mycobacterium. L’identification à l’espèce ou à la sous‑espèce est facilitée par le maintien de bases de données sur les séquences de gènes conçues sur mesure.

Services de détermination de la sensibilité aux antimicrobiens

Le CNRM détermine la sensibilité aux antimicrobiens de première et de dème intentions de tous les isolats de Mycobacterium sp., conformément aux recommandations du Clinical and Laboratory Standards Institute (anciennement le NCCLS). Les épreuves de sensibilité phénotypique des isolats du complexe M. tuberculosis sont effectuées principalement avec le Bactec 460, ainsi qu’avec le MGIT 960 et le MB/BacT, appareils qui effectuent une surveillance continue. Les épreuves de sensibilité des mycobactéries non tuberculeuses sont effectuées au moyen de plaques commerciales de microtitrage avec dilution.

La résistance aux médicaments et les profils de sensibilité non caractéristiques sont confirmés par une deuxième méthode telle que l’analyse moléculaire des cibles associées à la résistance aux médicaments. Grâce à la caractérisation de nouvelles cibles moléculaires conférant une résistance aux médicaments, le CNRM prévoit augmenter sa gamme de cibles moléculaires testées.

Services de génotypage

Le CNRM/LNM fournit divers services de génotypage des souches de mycobactéries, principalement de typage des espèces du complexe Mycobacterium tuberculosis. La méthode MIRU-VNTR est maintenant reconnue pour le génotypage de M. tuberculosis, et le CNRM s’efforce activement d’automatiser cette méthode pour augmenter le débit et réduire le délai d’exécution. En plus de la méthode MIRU-VNTR, le CNRM emploie la méthode RFLP IS6110 et le spoligotypage pour le génotypage secondaire des isolats de M. tuberculosis, conformément aux lignes directrices des CDC.

Grâce à l’utilisation de bases de données nationales et internationales, le typage des souches constitue un complément utile aux activités habituelles d’ordre épidémiologique pour la tuberculose, par exemple pour le retraçage des contacts, les enquêtes sur les éclosions de tuberculose, la prévention et la lutte contre la maladie. Le typage des souches est également utile pour détecter la contamination croisée au laboratoire et prévenir les diagnostics erronés.